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Descritto nelle "Storie" di Tito Livio come rifugio sicuro già nel 205 a.C., lo scalo subì tra il 1180 ed il 1525 alterne vicende: distrutto dai genovesi per l'alleanza con Pisa, ampliato e protetto nel corso del XIV secolo, nel XVI conobbe un periodo di tale sviluppo da porsi come serio concorrente di Genova che, nel 1525, lo interrò, bloccandone l'imboccatura con grandi massi. Nel XIX secolo, Savona, recuperò la completa operatività e nel 1886 vi si movimentavano 861.000 tonnellate.
All'inizio del Novecento venne completata la Calata Boselli e realizzato, nel 1910, l'impianto funiviario Savona-San Giuseppe che con i suoi 18 Km di percorso fu la più lunga funivia d'Europa.
Le banchine, seppure di non elevata consistenza, continuarono ad essere utilizzate ai livelli massimi di capacità, tanto che il porto si inserì al primo posto in Italia nella classifica del tonnellaggio manipolate per metro lineare di banchina.
I gravissimi danni subiti dallo scalo a seguito degli eventi del secondo conflitto mondiale, vennero prontamente riparati consentendo al porto di ritornare, in brevissimo tempo, alla massima operatività, predisponendo nuovi spazi e nuove banchine nello scalo storico ed intraprendendo la costruzione delle banchine nel bacino di Vado
Nel 1946 il traffico fu di 2.687.000. La costituzione dell'Ente Autonomo del Porto di Savona, nato nel 1968, consentì piena autonomia amministrativa e gestionale.
Attualmente i compiti di indirizzo, programmazione e promozione, di manutenzione delle parti comuni e di controllo delle attività sono affidati, ai sensi della Legge 84/94, all'Autorità Portuale di Savona.